理化学研究所（RIKEN）是日本一家大型研究机构。该机构成立于1917年，现在拥有约3000名科学家，并拥有七个院区。它是一个独立的行政机构。
理化学研究所负责在许多科学领域进行研究，其中包括：物理，化学，生物，医学，工程和计算机科学，基础研究到实际应用。它几乎完全是由日本政府资助，其年度预算约880亿日元（7.6亿美元）。
1913年，日本著名科学家Jokichi Takamine首次提出建立日本国家科学研究院。这个任务是由一位突出的商人涩泽荣在1915年通过国会决议负责，理化学研究所在1917年3月成立。其前身为一家私人基金会，总部位于东京驹入区，第一位主任是数学家Dairoku Kikuchi。
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日本国家信息与通信研究院（Nippon Export and Investment Insurance,NICT）是日本信息和通信技术研究所,总部位于东京小金井市北町。当日本通信综合研究所（1896年成立）与电信推进组织合并时,它在2004年成立
国立国语研究所（National Institute for Japanese Language and Linguistics,NINJAL）是日本独立行政机构,它负责：研究,调查,宣传,并制作日语正确用法为目的。目前,该研究所位于日本东京立川市,总干事为影山太郎
日本大学评价学位授与机构（National Institution for Academic Degrees and University Evaluation,NIAD-UE）是日本“独立行政法人”,总部位于东京都小平市
劳动政策研究与研修机构（Japan Institute for Labour Policy and Training）在日本厚生劳动省监督下的第三部门。该研究所主要研究日本工作人员的工作条件和安全