日本最高法院（Supreme Court of Japan）是日本最高法庭，总部位于东京千代田区。它是日本宪法最终司法解释权，它决定日本国家法律（包括地方法规）问题。它拥有司法审查权，也就是说它可以宣布国会和地方议会和行政诉讼的行为。
日本第一个西式最高法院为大审院，它在1875年由日本司法部成立。该法院由民事和刑事审判庭的120名法官组成。建立法院的法令在1947年被废除，现代最高法院成立于1946年。之后的9月份，其总部搬到东京地方法院大楼。
1974年，日本最高法院迁至目前地址。该建筑是由建筑师冈伸一设计，该建筑获得日本国际奖建筑学院设计奖项。
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日本国家档案馆（National Archives of Japan）是保存日本政府文件和历史记录,并提供给公众使用的机构。日本国家档案馆网站提供有关档案和目录数据,并允许在网上搜索馆藏信息。网站提供英语和日语版本。网站还有一些有简要说明和文档,一些书籍图片和文化介绍
日本会计检查院 Board of Audit（Japan）负责审查日本政府开支,并向日本国会提交一份年度报告。日本宪法和1947年审计法案委员会第90条给予来自内阁和国会控制该机构相对独立权
日本林业及林产品研究所（Forestry and Forest Products Research Institute,FFPRI）专注于日本可持续发展产业,农村社区,生产力和环境保护的研究所
日本植物防疫所（Plant Protection Station）负责日本植物检疫程序和植物产品进口的机构